скачать книгу бесплатно
Чтобы узнать больше о регулировке положения, загляните в раздел справки, посвященный каждой из перечисленных настроек.
Упражнения
1. Какие параметры функции geom_jitter() регулируют количество дрожаний?
2. Примените geom_jitter() и geom_count(), сравните полученные результаты.
3. Какая настройка положения используется в функции geom_boxplot() по умолчанию? Создайте на её основе визуализацию своего набора данных.
Заключительной частью настоящей главы рассмотрим настройку систем координат для построения графиков. Система координат, пожалуй, имеет самый сложный функционал в ggplot2. Естественно, по умолчанию используется прямоугольная декартова система координат, в которой значения x и y позволяют однозначно определить местоположение каждой точки. Но есть и другие системы координат, которые иногда полезны. Функция coord_flip() меняет местами оси x и y. Это пригодится, если хотите нарисовать горизонтальные боковые диаграммы,а также полезно для длинных графиков, которые трудно подгонять без перекрытия по оси x.
# левый график
ggplot(data = My_table[My_table$Класс == "7а" | My_table$Класс == "7б",],
mapping = aes(x = Класс, y = Тема2)) +
geom_boxplot()
# правый график
ggplot(data = My_table[My_table$Класс == "7а" | My_table$Класс == "7б",],
mapping = aes(x = Класс, y = Тема2)) +
geom_boxplot() +
coord_flip()
Функция coord_quickmap() устанавливает соотношение сторон правильным для карт. Это очень важно, если строите планы карт местности с помощью ggplot2. Например:
1) Установите пакет карт, если не использовали его ранее.
install.packages("maps")
2) Подключите соответствующую библиотеку.
library(maps)
3) Заполните переменную картографическими данными.
ru <– map_data("world")
4) Теперь можно получить изображение карты в корректном масштабе
ggplot(ru, aes(long, lat, group = group)) +
geom_polygon(alpha=1/5, fill = "green", color = "black") +
coord_quickmap()
Функция coord_polar() переключает графопостроитель в режим полярных координат. Полярный координаты позволяют визуализировать интересную связь между линейчатой и круговой диаграммами. Напоследок вернёмся к тому, с чего начинали, – алмазам и их популярности в зависимости от качества. В следующем примере переменная bar заполняется вызовом процедуры формирования блоков данных для изображения. Далее, диаграмма транспонируется, тем самым приводя к линейчатому виду, и изображается в полярной системе координат отдельно:
bar <– ggplot(data = diamonds) +
geom_bar(
mapping = aes(x = cut, fill = cut),
show.legend = FALSE,
width = 1
) +
theme(aspect.ratio = 1) +
labs(x = NULL, y = NULL)
bar + coord_flip()
bar + coord_polar()
Упражнения
1. Преобразуйте линейчатую диаграмму с накоплением в круговую диаграмму с помощью coord_polar().
2. Где и как используется функция labs()? Ознакомьтесь с документацией.
3. В чем разница между coord_quickmap() и coord_map()?
4. Почему важно применение coord_fixed()? Что делает функция geom_abline()?
5. Выполните аналогично разобранной визуализацию успеваемости учеников своего класса.
Выше было показано как создавать диаграммы рассеяния, гистограммы и прямоугольные-диаграммы. После закрепления на практике сформировался навык, легко применимый к освоению диаграмм ggplot2 любого типа. Чтобы закрепить изученное, добавим настройки положения, статистическую обработку, настройки системы координат и разбиение данных к исходному шаблону кода:
ggplot(data = <данные>) +
<geom_основная функция графопостроителя>(
mapping = aes(<сопоставления с координатными осями и эстетикой>),
stat = <сбор дополнительной статистики>,
position = <позиция фрагментов диаграммы>
) +
<настройка координатной системы> +
<функция группирования данных>
Новый шаблон принимает семь параметров (заключенные в угловые скобки), которые применяются для описания желаемой визуализации данных. На практике редко приходится заполнять их все, чтобы построить график, так как в ggplot2 используются оптимальные значения по умолчанию для всего кроме данных, сопоставлений с осями и выбора функции geom.
Семь параметров в шаблоне составляют грамматику графопостроителя, формальную систему визуализации изображений. Грамматика основана на понимании того, что можно однозначно описать любой участок кода как комбинацию набора данных, функции графопостроителя, набора соответствий, статистической обработки, настройки положения фрагментов чертежа, системы координат и схемы группирования подмножеств исходных данных.
Чтобы понять, как это работает, вспомните, как строился простейший график с самого начала: фиксировался набор данных, затем выполнялась статистическая обработка для извлечения вспомогательной информации. Далее, выбирался способ представления каждого исходного значения и новых данных. При этом настраивались эстетические свойства геометрических примитивов, чтобы сопоставление значений каждой переменной с положением, цветом или формой объекта несло определенную смысловую нагрузку. Затем выбирали систему координат, чтобы в ней наглядно разместить полученное изображение, это само по себе тоже несет определенную эстетику, сопоставляя значения переменных с x и y. В результате получался график, но опционально ещё настраивалось местоположение объектов внутри системы координат (корректировка положения) и разбиение графика на подграфики (фасетирование). Также можно было улучшить изображение, добавив один или несколько дополнительных слоёв, на каждом из которых использовался свой набор данных, функция графопостроителя, набор сопоставлений, собиралась дополнительная статистика и регулировалось положение.
При помощи описанного метода строятся графики практически любой сложности. Другими словами, выкристаллизовавшийся в главе шаблон кода охватывает сотни тысяч уникальных графиков.
Перейдем ко второй части, анонсированной в названии раздела. Да, визуализация является важным инструментом понимания, но считается большой удачей получить исходные данные сразу в пригодном для визуализации формате. Часто приходится создавать новые переменные или сводные таблицы, переименовывать переменные или изменять порядок следования наблюдений, чтобы сделать данные немного проще для повышения наглядности их визуализации. Рассмотрим, как сделать все это и многое другое, как преобразовывать данные с помощью пакет dplyr на примере обширного набора данных о рейсах, вылетающих из Нью-Йорка.
Историческая справка. На прилагаемом фото запечатлён трансарктический самолёт АНТ-25 в ангаре аэропорта Флойд Беннет, февраль 1939 года, ознаменовавший успешное участие СССР в Нью-Йоркской выставке 1939-1940 годов. Нью-Йорк, Бруклин.
Сосредоточимся на том, как использовать пакет dplyr, – один из базовых инструментов tidyverse. Проиллюстрируем ключевые идеи, используя данные из базы nycflights13, и пакета ggplot2, чтобы визуализировать эти данные.
library(nycflights13)
library(tidyverse)
Обратите внимание на сообщение о возможных конфликтах, которое выводится при загрузке tidyverse, так как dplyr перезаписывает некоторые функции R. Если хотите использовать эти функции после загрузки dplyr, то нужно будет вводить их полные имена через два двоеточия, например, stats::filter().
Чтобы изучить основные способы работы с данными из dplyr, будем пользоваться базой данных nycflights13::flights, она содержит информацию по всем 336 776 рейсам, вылетевшим из Нью-Йорка. Данные поступают из Бюро статистики транспорта США, и вы можете с ними ознакомиться в любое время, просто введя в консоли:
flights
Заметим, что эта база данных при выводе в консоль отличается от вывода из других баз данных, которые применяли ранее. Показаны лишь первые несколько строк и столбцы, которые поместились на экране. Чтобы просмотреть весь набор данных, необходимо запустить:
view(flights)
Откроется таблица средствами просмотра RStudio, в слегка упрощенном виде, чтобы легче было применять инструментарий tidyverse. На данный момент не нужно беспокоиться о нюансах, позже вернемся к табличному представлению данных в соответствующей главе. Ряд из нескольких буквенных сокращения под названиями столбцов описывает тип каждой переменной: int означает целые числа; dbl означает действительные числа; chr означает символьные строки; dttm означает дату-время (дата + время). Существуют и другие распространенные типы переменных, они не используются в данном наборе, но будут рассмотрены отдельно: lgl означает логические значения, которые содержат только TRUE или FALSE; fctr означает факторы, которые R использует для представления категориальных переменных с фиксированными возможными значениями; date означает данные.
Следующие пять ключевых функций dplyr позволяют решить подавляющее большинство задач обработки данных: filter() отфильтрует наблюдения по заданным условиям; arrange() меняет порядок строк; select() выберет переменные по их именам; mutate() создаёт новые переменных со свойствами существующих переменных; summary() сворачивает множество значений до одного. Перечисленные функции можно использовать совместно с group_by(), которая изменяет область действия каждой функции со всего набора данных на определенные группы. Собственно перечисленные шесть функции и предоставляют собой команды языка обработки данных.
Все функции работают по общей схеме:
1) Первый аргумент – фрагмент данных.
2) Последующие аргументы описывают, что нужно делать с выбранными данными, используя имена переменных без кавычек, либо в одиночных апострофах кавычках «'», если имена содержат пробел « ».
3) Результатом является новый фрагмент данных.
Перечисленные свойства делают легко реализуемой последовательность из нескольких простых шагов к достижению желаемого результата. Разберем на примерах, как это работает. filter() позволяет выбирать подмножество наблюдений на основе определенных условий. Первый аргумент содержит имя базы данных. Второй и последующие аргументы являются выражениями, фильтрующими данные. Например, выберем все рейсы на 5 мая следующей командой:
filter(flights, month == 5, day == 5)
Когда запускаете эту строку кода, dplyr выполняет операцию фильтрации и возвращает новый блок данных. Функции dplyr никогда меняют входные данные, поэтому, если понадобится сохранить результат, то придется использовать оператор присваивания:
may5 <– filter(flights, month == 5, day == 5)
R либо распечатывает результаты, либо сохраняет их в переменную. Когда нужно сделать и то, и другое, команда заключается в круглые скобки:
(may5 <– filter(flights, month == 5, day == 5))
Чтобы эффективно использовать фильтрацию, нужно знать, как выбрать наблюдения, используя операторы сравнения. R предоставляет стандартный набор операторов: > (больше), >= (больше или равно), < (меньше), <= (меньше или равно), != (не равны), == (равны). Начинающие пользователи R зачастую ставят = вместо == при проверке равенства. Если допустить такое, то возникнет предупреждение об ошибке. Есть еще одна распространенная проблема, с которой сталкиваются при использовании ==, это числа с плавающей запятой. Поистине альтернативная арифметика:
sqrt (4) ^ 2 == 4
# > [1] TRUE
sqrt (5) ^ 2 == 5
# > [1] FALSE
1 / 50 * 50 == 1
# > [1] TRUE
1 / 49 * 49 == 1
# > [1] FALSE
Дело в том, что в R используется арифметика конечной точности, так как затруднительно хранить бесконечное количество цифр, либо реализовывать алгебраический подход. Поэтому каждое число в R является приближением, а вместо оператора == нередко используется функция near(), позволяющая сравнивать приближенные величины:
near(sqrt(5) ^ 2, 5)
# > [1] TRUE
Несколько аргументов функции filter() перечисленные через запятую равносильны объединению условий союзом «и», при этом, каждое выражение должно оказаться истинным, чтобы из входных данных соответствующая запись была сохранена в выходные данные. Для остальных логических связок можно использовать булевы операторы: & это «и», | это «или», ! это отрицание «не», xor(x, y) это исключающее или с аргументами x, y.
Следующий код находит все рейсы, которые вылетели в феврале или марте:
filter(flights, month == 2 | month == 3)
Если попытаться ввести команду буквально
filter(flights, month == (2|3))
то вместо желаемого будут найдены все месяцы равные результату булевой операции 2|3, значение которой обращается в TRUE. В числовом контексте TRUE становится равным единице 1, поэтому будут найдены все январские вылеты, что вовсе не соответствует задуманному.
Полезным клавиатурным сокращением для решения обозначенной проблемы является x %in% y. Это позволит выбрать каждую строку, где x является одним из значений в y. Можно было бы использовать следующую альтернативу для кода выше:
filter(flights, month %in% c(2, 3))
Иногда можно упростить сложное выражение вспомнив законы де Моргана из курса математической логики: !(x & y) == !х | !y, и !(x | y) == !x & !y. Например, если нужно найти рейсы, которые не задерживались (по прилету или отправлению) более чем на час, можно воспользоваться любым из следующих фильтров:
filter(flights,!(arr_delay > 60 | dep_delay > 60))
